İlk balık çiftliği, günümüzden 5 bin yıl önce Çin’de kuruldu. Nehirlerde yakalanan sazan ve kefal balıkları, yapay havuzlara canlı olarak getirildi ve buralarda çoğaltıldı. Avrupa’da balık çiftlikleri, ilk kez Romalılar tarafından kuruldu. Ortaçağ’a gelinceye değin, Avrupa’da bu çiftlikler çok yaygınlaşmamıştı.
Ortaçağ’la birlikte özellikle büyük manastırların yörelerinde besin gereksinimini karşılamak için balık üretimi başlatıldı. Ancak, 19. yüzyıldan itibaren Avrupa’da yeni açılan yollar aracılığıyla deniz kıyılarına ulaşım kolaylaştı ve insanlar balık gereksinimlerini denizden karşılamaya başladılar. Bunun üzerine balık çiftliklerine duyulan ilgi, yeniden azaldı.
1960’lı ve 1970’li yıllarda denizlerdeki balık yataklarında görülen azalma, taze balık fiyatlarının hızla artmasına yol açtı. Böylece, Avrupa ve Amerika’da balık çiftlikleri yeniden gündeme geldi. Bugün, Batı Avrupa’da ve İngiltere’deki balık çiftliklerinde yılda 100 bin ton balık üretilir. Bu rakam, tüketimin yalnızca yüzde birini karşılar.
İnsanların en eski çağlardan bu yana balık avladıkları bilinmektedir. Günümüzden 5 bin yıl öncesinden kalma, kemikten yapılmış ve bugün kullanılan örneklerine benzeyen iğneler bulunmuştur.
Çinliler MÖ 3000 yıllarında, tuzlu su doldurulmuş havuzlarda kefal üretiyorlardı. Eski Romalılar da havuz ve akvaryumlarda sazan ve tatlı su kefali yetiştiriyorlardı. Bu yöntemlerle balık yetiştirme ortaçağın sonlarına kadar sürdürüldü, ama bu tarihlerde terk edildi. Ancak 19. yüzyılda, Fransız hükümetinin balık üretimini başlatmasıyla yeniden gündeme geldi.
Bugün dünyanın birçok ülkesinde, sofrada tüketilmek üzere büyük çapta balık üretimi yapılmaktadır. Havuzlarda en çok sazan, alabalık ve sombalığı üretilir. Havuzlarda ayrıca soyu azalan balık türleri de yetiştirilmektedir. Tatlı su balıklarının üretiminde iki ayrı yöntem uygulanır. Örneğin sazan, besinini sudaki doğal ortamdan sağlayabileceği büyük göletlerde üretilir. Alabalık üretiminde, dar ve uzun ya da yuvarlak bir havuzdaki küçük bir alanda çok balık bir arada tutularak daha iyi sonuç alınır. Ama bu havuzlarda balıkların yemle beslenmesi ve gerekli oksijeni sağlayabilmek içinde suyun belirli aralıklarla değiştirilmesi gerekir. Başta Japonya olmak üzere çeşitli ülkelerde tuzlu su balıkları için denizlerde de üretim çiftlikleri kurulmuştur.
İstiridye, midye ve pavurya gibi öbür deniz hayvanları da bazı kıyı sularında yetiştirilmektedir. Doğal yolla üremiş larvalar ya da deniz üretim çiftliğinde yetiştirilmiş yavrular, uygun koşullara sahip bir ortama bırakıldığında çoğalabilir. Bazı Uzakdoğu ülkelerindeki deniz çiftliklerinde büyük çapta teke ve karides üretilir.